В первую очередь обоняние ориентировано на контакты внутри вида и на половое поведение. Так, например, готовые к спариванию самцы оставляют с помощью мочи пахучие метки, играющие важную роль. Не находящиеся в течке самки выражают отказ от спаривания не только поведением, но и специфическими запахами.
Морские свинки, состоящие в одном социальном объединении, узнают друг друга по запаху. Это относится и к повторному включению в состав своей группы пропавших молодых животных. Но у взрослых животных после многодневной разлуки такое специфическое узнавание пропадает.
На территории, где проживают свинки, всегда много меток, поставленных посредством секрета и мочи. Это обстоятельство объясняет, почему морские свинки в привычной обстановке чувствуют себя комфортно, а в чужой часто ведут себя чрезвычайно обеспокоенно и неуверенно, что проявляется в их робком поведении.
По сравнению с человеком у морских свинок значительно ярче выражено восприятие запахов. Оно развито приблизительно в 1 ООО раз сильнее, чем у человека. Животные воспринимают многочисленные запахи и связанную с ними информацию, которые нами вообще не могут быть замечены.
При поисках корма, например, чтобы отличить полезный продукт от вредного, восприятие запахов играет решающую роль. Это свойство так же важно и при узнавании ими окружающих их людей.